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UMR 203 INRA / INSA de Lyon
Biologie Fonctionnelle Insectes et Interactions (BF2I)
INSA Bâtiment L. Pasteur – 69621 Villeurbanne Cedex - France

Equipe SymTrophique 

Thèmes de recherche

Symbiose : Génomique Fonctionnelle des Interactions Trophiques

• Modélisation des réseaux symbiotiques
• Caractérisation systémique des interactions trophiques
• Caractérisation fonctionnelle des interactions trophiques
• Caractérisation fonctionnelle du système de transport entre les partenaires associés
• Métabolomique des interactions trophiques

Ressources biologiques vivantes : espèces en élevage

Pucerons
Acyrthosiphon pisum – Clone Ap-LL01. En élevage sur fève à Lyon depuis avril 1987 (après un retour en 2008 du Department of Biology, University of York – UK). Mis en culture en 1986 à Lusignan à partir d’une collecte de R. Bournoville sur luzerne. Clone de couleur verte, ne possédant pas de bactéries symbiotiques secondaires (seule présence de Buchnera aphidicola). Génotype caractérisé à INRA Rennes.
Aphis gossypii – Clone Ag-LM06. En élevage sur melon à Lyon depuis décembre 2008 (provenant de INRA Sophia Antipolis). Clone avec un génotype de type “NM1”. Génotype de distribution restreinte au sud-est de la France. Le gène Vat du melon confère un haut niveau de résistance à la colonisation et à la transmission de virus non-persistants par ce clone NM1 d’Aphis gossypii.
Aphis gossypii – Clone Ag-LM07. En élevage sur melon à Lyon depuis décembre 2008 (provenant de INRA Sophia Antipolis). Clone avec un génotype de type “C9”. Génotype de distribution large partout dans le monde. Le gène Vat du melon confère une résistance partielle à la colonisation et à la transmission de virus non-persistants par ce clone C9 d’Aphis gossypii.
Rhopalosiphum padi – Clone Rp-LR02. En élevage sur blé à Lyon depuis janvier 1997. Clone d’origine “Rp 37 Site 11K93”, provenant de INRA Rennes (mis en culture en juin 1992, depuis une collecte sur blé à Rennes par J.C. Simon). Clone androcyclique.

Autres ressources biologiques

Puce à ADN “Buchnera aphidicola” (A-MEXP-333 ; http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/arrays/A-MEXP-333) : Puce à ADN développée par l’unité, composée des sondes oligonucléotidiques 35 mer couvrant le génome complet de Buchnera aphidicola (symbiote d’Acyrthosiphon pisum) et de nombreux témoins de normalisation. Chaque gène de B. aphidicola est représenté par 3 sondes et chaque sonde est présente 4 fois sur la puce. Cela correspond à un total de 6144 plots par lame, repartis sur quatre colonnes et sept lignes. Les ressources nécessaires (sondes oligonucléotidiques 60 mer) à la production d’une nouvelle version de cette puce sont également disponibles dans l’UMR.
Puce à ADN “Acyrthosiphon pisum ACYPI v1.0” (A-MEXP-1999 ; http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/arrays/A-MEXP-1999) : Puce à ADN développée par l’unité en collaboration avec NimbleGen. Elle est composée de 4 sections contenant chacune 72 000 sondes (en règle générale, 3 sondes de 60 mer pour chacun des 24 011 transcrits présents sur la puce). Outre les témoins de normalisation, ces transcrits correspondent à 23 855 des 34 604 gènes présents dans le génome d’Acyrthosiphon pisum. Les gènes représentés sur la puce sont constitués des 22 542 gènes les mieux annotés du puceron du pois, complétés avec 1 313 gènes non annotés mais possédant des transcrits de grande taille et potentiellement importants.

Bases de données

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) : base de données pour visualiser et étudier le réseau métabolique sous-jacent dans la symbiose entre le puceron du pois et la bactérie Buchnera (http://acypicyc.cycadsys.org/).
ArthropodaCyc : base de données pour réaliser des études comparatives du métabolisme de différents arthropodes dont les génomes sont séquencés (http://arthropodacyc.cycadsys.org/).
MetExplore : un serveur web pour relier les résultats d’expériences de métabolomiques et les réseaux métaboliques (http://metexplore.toulouse.inra.fr/metexplore/).

Ressources documentaires

• BLACKMAN R.L., EASTOP V.F., 1984. Aphids on the world's crops. An identification guide. Wiley Interscience, Chichester (GBR). 466 p.
• DIXON A.F.G., 1998. Aphid Ecology. Chapman & Hall, Londres. 300 p.
• MINKS A.K., HARREWINJN P., 1987. Aphids. Their biology, natural enemies and control. Elsevier, Amsterdam. Volume A - 450 p.
• MINKS A.K., HARREWINJN P., 1988. Aphids. Their biology, natural enemies and control. Elsevier, Amsterdam. Volume B - 364 p.
• MINKS A.K., HARREWINJN P., 1989. Aphids. Their biology, natural enemies and control. Elsevier, Amsterdam. Volume C - 314 p.
• PONSEN M.B., 2006. A histological description of the alimentary tract and related organs of Adelgidae (Homoptera, Aphidoidea). Wageningen Agricultural University Papers. 103 p.
• REMAUDIERE G., REMAUDIERE M., 1997. Catalogue des Aphididae du monde - Homoptera Aphidoidea. INRA, Paris. 473 p.

Compétences spécifiques

• Elevage des pucerons sur milieu artificiel (milieu Ap3 mis au point dans l’unité) : fabrication du milieu artificiel, technique d’élevage sur ces milieux.
• Micromanipulation sur puceron, micro-injection, ARN interférence (RNAi).
• Analyse automatisée d’acides aminés : plate-forme technique dédiée à l’identification et à la quantification des acides aminés d’un extrait biologique.
• Imagerie des systèmes symbiotiques : plate-forme d’imagerie (fluorescence in situ hybridyzation, immunocytochimie, …) spécialisée dans l’étude des tissus d’interface de l’insecte avec ses partenaires biotiques (bactéries symbiotiques, plantes, …).

Contact

Hubert CHARLES
UMR 203 INRA / INSA de Lyon
Biologie Fonctionnelle Insectes et Interactions (BF2I)
INSA Bâtiment L. Pasteur – 69621 Villeurbanne Cedex - France
phone: 33 (0)4 72 43 80 85
fax: 33 (0)4 72 43 85 34

hubert.charles@insa-lyon.fr