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SPS - Saclay Plant Sciences

Summer School 2016

From gene expression to genomic network

17 – 22 juillet 2016 - Centre Port Royal, Saint-Lambert
Summer School 2016

En 2015, le LabEx SPS organisait sa première école d’été, consacrée à la biologie des semences. La seconde édition a eu lieu en juillet dernier. 1 étudiant de M2, 16 doctorants et 6 post-doctorants, intéressés par divers aspects de la biologie végétale et des statistiques, ont passé une semaine à travailler ensemble sur les différentes étapes d’analyses bio-informatiques et statistiques appliquées aux données omiques, en particulier la transcriptomique. Chaque étape était présentée par des spécialistes du domaine reconnus à l’échelle internationale, qui ont mis leur expertise et leur pédagogie à la disposition des participants.

Le programme était intensif pour les 23 jeunes scientifiques sélectionnés, venant de laboratoires de 7 pays européens et représentant 9 nationalités à travers le monde. Les participants ont souligné la qualité des présentations et la large vision générale apportée par le programme scientifique, avec un très vaste panel de sujets et d’approches. Dans ce contexte international, ils ont aussi fortement apprécié les interactions constructives et utiles entre participants aussi bien qu’avec les organisateurs et les intervenants qui, pour la plupart, ont passé la semaine entière avec les jeunes chercheurs.

Cette atmosphère très amicale a également été l’occasion de partager d’autres activités, telles que la pétanque, ou de partir en randonnée dans la forêt du Parc Naturel Régional de la Haute Vallée de Chevreuse, dans laquelle l’école d’été était située.

En bref, l’école d’été SPS a une nouvelle fois été un succès !

Patchwork Photos Summer School 2016

Coordinateurs
RNA-Seq

Marie-Laure Martin-Magniette (IPS2, INRA, Gif-sur-Yvette)
Etienne Delannoy (IPS2, INRA, Gif-sur-Yvette)

Comité scientifique

Richard Berthomé (LIPM, INRA, Toulouse)
Etienne Delannoy (IPS2, INRA, Gif-sur-Yvette)
Marie-Laure Martin-Magniette (IPS2, INRA, Gif-sur-Yvette)
Guillem Rigaill (IPS2, UEVE, Gif-sur-Yvette)
Nathalie Villa-Vialaneix (MIA-T, INRA Toulouse)

Thématiques et intervenants

Analyse bioinformatique de données brutes RNA-seq (assemblage, cartographie, comptage)
Veronique Brunaud (IPS2, INRA, Gif-sur-Yvette)

Analyse statistique RNA-seq de la normalisation à l’analyse différentielle
Nathalie Villa-Vialaneix (MIA-T, INRA Toulouse) et Marie-Laure Martin-Magniette (IPS2, INRA, Gif-sur-Yvette)

Analyse de la co-expression par des modèles de mélange
Andrea Rau (GABI, INRA, Jouy-en-Josas) et Marie-Laure Martin-Magniette (IPS2, INRA, Gif-sur-Yvette)

Inférence de réseaux par des modèles graphiques
Julien Chiquet (LaMME, UEVE, Évry) and Guillem Rigaill (IPS2, UEVE, Gif-sur-Yvette)

Intégration omique en utilisant mixOmics
Kim-Anh Le Cao (TRI, University of Queensland, Australia)

Interprétation biologique des précédents résultats statistiques
Richard Berthomé (LIPM, INRA, Toulouse), Françoise Monéger (RDP, CNRS, Lyon), Françoise Budar (IJPB, INRA, Versailles) et Etienne Delannoy (IPS2, INRA, Gif-sur-Yvette)

Programme

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