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Contexte

L'arrivée des nouvelles méthodes de séquençage de l'ADN apporte de grandes quantités de marqueurs de la dynamique spatiale des espèces. Ces données peuvent nous permettre d'améliorer qualitativement nos modèles de réponse de la biodiversité aux changements environnementaux. Les modèles actuellement utilisés, généralement basés sur la théorie de la niche, sont inférés à partir de corrélations entre variables environnementales et occurrences des espèces. Ils ne prennent pas en compte les déplacements et les capacités d'adaptation qui peuvent modifier les réponses. Les gènes sont des marqueurs de ces déplacements et de ces adaptations. Inférer des modèles sur la dynamique de la biodiversité à partir des données de génétique environnementale est ainsi un nouvel enjeu pour la biologie des populations.

Il n'existe pourtant pas actuellement d'outil ou de théorie statistique intégrant en un seul modèle d'inférence les aspects stochastiques (modèle neutre) et déterministes (modèle de niche) de ces distributions pour relier les données génétiques à des variables mesurables de l’environnement, géographiques, climatiques, ou socio-écosystémiques. Dans le cadre du projet phare sur la compréhension et l'amélioration des capacités adaptatives des socio-écosystèmes, le Labex Biodiversité Agroécosystèmes Sociétés Climat / Paris-Saclay cherche à former un doctorant dans ce domaine de la modélisation intégrée du gène au socio-écosystème. Le modèle est un développement basé sur la théorie des circuit ^[1]. Les paramètres inférés comprennent les mécanismes de connectivité et de réponse à l'environnement.

Missions

La tâche consistera à prendre en charge en collaboration le développement d'un outil d'inférence de modèles de démogénétique environnementale, et à exploiter plusieurs jeux de données. Le projet comporte trois phases :

I – La finalisation du développement d'un outil d'inférence fonctionnant pour un environnement non changeant. Et la valorisation de l'outil sur plusieurs de jeux de données génétique – environnement - connectivité, sur des modèles insecte, plante et pathogènes du Labex BASC.

II – Le développement d'un outil d'inférence prenant en compte l’hétérogénéité temporelle.

III – La réalisation à partir des modèles inférés, de scénarios de réponses aux changements environnementaux et l'évaluation de services écosystémiques rendus par certaines pratiques ou aménagements territoriaux en se basant sur le logiciel SIMADAPT^[2].

Profil du candidat

Bioinformaticien / biostatisticien / écologiste évolutif ayant une expérience dans la réalisation d'inférence statistiques, de préférence Bayésienne, dans la manipulation de modèles en marches aléatoires sur des graphes, et/ou de chaînes de Markov.

Lieu : CNRS LEGS Gif-sur-Yvette

Equipe d’accueil : DEEIT, activités en collaboration avec d'autres équipes du Labex BASC.

Responsable : Stéphane Dupas

Date de Validité : 15 août 2014

Contact

Le contrat de deux ans devra commencer en septembre 2014. Envoyer CV et lettres d'accompagnement avant le 10 août 2014 à dupas@legs.cnrs-gif.fr et tenaillon@moulon.inra.fr.

Pour plus d'information sur les recherches spécifiques à mettre en place, contacter s'il vous plaît Stéphane Dupas, tél : +33 1 69 82 37 25, dupas@legs.cnrs-gif.fr

Références

[1] Dupas S, Le Ru B, Branca a et al. (2014) Phylogeography in continuous space: coupling species distribution models and circuit theory to assess the effect of contiguous migration at different climatic periods on genetic differentiation in Busseola fusca (Lepidoptera: Noctuidae). Molecular ecology, 33, 1–13.

[2] Rebaudo F, Le Rouzic A, Dupas S et al. (2013) SimAdapt: an individual-based genetic model for simulating landscape management impacts on populations (M Spencer, Ed,). Methods in Ecology and Evolution, 4, 595–600.