Formation bioinfo - 24.10.15

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Formation bioinfo - 24.10.15

Formation bioinformatique "Détection de variation structurale par re-séquençage"

03 juin 2015

UMR GQE – Le Moulon, Ferme du Moulon, Gif-sur-Yvette

Dans le cadre du LabEx BASC, l’Atelier de Bioinformatique et Informatique de l’UMR Génétique Quantitative et Évolution – le Moulon ont organisé une initiation à la découverte de variations structurales par analyse de séquence NGS. Cette journée était centré principalement sur la détection des grandes insertions/délétions de taille supérieure à 1 kb.

Programme:

Partie théorique: description des approches de séquençage massif, ainsi que les principes des méthodes bioinformatiques de détection des variations structurales.

Partie pratique :

  • Réception de données NGS et contrôle qualité,
  • Nettoyage éventuel des séquences,
  • Alignement des séquences sur un génome de référence,
  • Détection des variants structuraux,
  • Visualisation des variants structuraux.

Logiciels utilisés : FatstQC, Samtools, Breakdancer, Pindel, IGV

Formateurs : Yasmine Nooroya, Johann Joets

Nombre de places : 12

Lieu : UMR GQE – Le Moulon, Ferme du Moulon, 91190 Gif-sur-Yvette (à côté de Supélec).

Informations

Yasmine Nooroya (Yasmine.Nooroya@moulon.inra.fr).

Contact: changeMe@inrae.fr

Date de création : 14 septembre 2023