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Directrice de thèse : Myriam HARRY (EGCE), Co-encadrante : Florence MOUGEL (EGCE)

En Amérique latine, les punaises hématophages Triatominae sont vectrices de Trypanosoma cruzi, agent pathogène responsable de la maladie de Chagas. Cette maladie constitue un véritable problème de santé publique, 7 à 8 millions de personnes étant infectées (OMS, mars 2013). Afin de lutter contre cette maladie, des programmes de contrôle par éradication chimique des vecteurs ont été mis en place. Cependant, la domiciliation, c’est-à-dire la colonisation de l’habitat anthropique, est observée pour de nouvelles espèces (Triatoma brasiliensis en est un exemple). Il est donc impératif de comprendre ce processus afin d’améliorer les méthodes de lutte contre les vecteurs.

Mon travail consiste à évaluer si le processus de domiciliation repose sur une base génétique et implique des gènes soumis à sélection. Nous avons décidé de nous focaliser sur les gènes du système chimiosensoriel : ces derniers permettent aux insectes d’interagir avec leur environnement et de modifier leur comportement en conséquence et pourraient donc être impliqués dans le processus de domiciliation. Nous avons donc réalisé une approche transcriptomique descriptive et comparée sur le transcriptome chimiosensoriel de populations de T. brasiliensis d’écotypes différents (sylvatiques, péri-domiciliaires et domiciliaires).

A ce jour, le génome de T. brasiliensis n’ayant pas été séquencé, la première étape a consisté à réaliser un transcriptome de référence pour T. brasiliensis en utilisant des données de séquençage à haut débit. Afin d'optimiser les résultats, différents tests d’assemblages ont été réalisés avec différents logiciels et sur différents échantillons de T.brasiliensis, puis comparés en fonction de plusieurs critères (le N50, le nombre de contigs et la « complétude » du transcriptome). La combinaison de données 454 et de données Illumina paired-end provenant d’un individu unique s’avère être le meilleur compromis (Marchant et al 2014).

A partir du transcriptome de référence ainsi sélectionné, une première analyse d’expression différentielle entre les différentes populations de T. brasiliensis (populations domiciliaires, péri-domiciliaires et sylvatiques) a été réalisée sous DESeq2. Cette analyse révèle que les punaises domiciliées ont des profils d'expression qui diffèrent des sylvatiques et péri-domiciliées. Parmi les gènes différentiellement exprimés entre les punaises d’environnements différents, nous avons bien identifié, des gènes appartenant au système chimiosensoriel (en particulier des Odorant Binding Proteins) mais aussi des gènes codant pour la protéine Takeout, impliquée dans le comportement alimentaire des adultes et le rythme circadien. Afin de solidifier ses résultats, d’autres analyses différentielles seront menées en utilisant d’autres logiciels (dont edge R) et seront comparées aux résultats de DESeq2. Une validation par qPCR sera réalisée.