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CIRM Centre International de Ressources Microbiennes

Projets du CIRM

International

Exploration de génomes pour l'étude de la diversité enzymatique au sein des polyporales, basidiomycètes au fort potentiel lignocellulolytique (2013-2015)

Collaboration entre l’UMR BCF et le Joint Genome Institute (JGI - US Department of Energy) pour le séquençage du génome de 40 souches de champignons filamenteux préservées dans la collection du CIRM-CF.

Participants : AFMB, Forest Products Laboratory, Université de Lille, Clark University, University of Göttingen, INRA-Nancy, Biological Research Centre, Universidad Publica de Navarra, CBS, Utrecht University.

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Projet Q-Collect Projet KBBE-FP7 (2013-2015)

L’objectif est de coordonner les collections de ressources de quarantaine en Europe (virus, bactéries, phytoplasmes, champignons, oomycetes, nematodes, insectes et plantes invasives) afin d’améliorer la préservation et l’accès à ces ressources.

Coordination : Peter Bonant

www.q-collect.eu/

MIRRI preparatory phase (2012-2015) Microbial Resource Research Infrastructure. EU FP7 (ESFRI road map)

La phase préparatoire de MIRRI dédiée au montage d'une infrastructure de recherche pan-europeenne couvrant 70 domaines microbiens dans 26 pays et donnant accès à plus de 350 000 souches de microorganismes.

Participants : 13 CRB européens et quatre laboratoires

www.MIRRI.org

EMbaRC (2009-2012) European Consortium Microbial Resources Centres. EU FP7.

Le CIRM a coordonné un projet infrastructure qui rassemblait les principaux CRB européens représentant 200 000 souches.

Participants : CRBIP, DSMZ, CECT, CBS, MUM, BCCM, CABI

www.embarc.eu

National

Projet PROFIL (2014-2020)

Le projet PROFIL : un nouveau levier d'innovation via l'ingénierie des protéines laitière financé par les Régions Bretagne et Pays de la Loire laitières. Dans le cadre de ce projet, le CIRM-BIA s'intéresse aux fonctions antifongiques de microorganismes d'intérêt alimentaire.

Principaux partenaires : Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM, Brest) UBO, partenaires industriels.

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Projet Investissement d’avenir BIOBANQUES (2011-2020)

Biobanques est une infrastructure nationale dans sa phase de construction. Elle est dédiée à la recherche médicale utilisant les échantillons biologiques et les ressources biomoléculaires. Cette infrastructure implique plus de 70 biobanques humaines et CRB microbiens.

www.biobanques.eu/

Projet ANR BAKERY (2014-2017)

Ce projet porte sur l'étude de la diversité et les interactions d'un écosystème agroalimentaire "Blé/Homme/Levain" à faible intrant. Dans le cadre de ce projet, les CIRM-BIA et CIRM-Levures participent à la caractérisation de la diversité inter et intra spécifique des levains de panification ainsi qu'à la conservation des souches impliquées.

Principaux partenaires : UMR de Génétique Végétale du Moulon, Sociologie de l'alimentation / Université de Bretagne Occidentale (UBO), ONIRIS Nantes, Institut Technique de l'Agriculture Biologique, partenaires industriels.

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Projet FUTUROL (2008-2017)

Ce projet, financé par OSEO Innovation dans le cadre de la SAS Procéthol 2G a pour but le développement et la commercialisation d'un procédé complet de production d'éthanol cellulosique de 2ème génération à partir d'une grande variété de matières premières lignocellulosiques (paille de blé, miscanthus, taillis à courte rotation... ).

Principaux partenaires : Recherche et développement (INRA, IFP Energies Nouvelles, ARD, Lesaffre) et Industriels (Total, Tereos, Champagne céréales, ONF)

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Projet Régional VALROB (2013-2015)

Valorisation des extraits de bois de robinier (Robinia pseudoacacia)

Coordination : Christian Breton, UR Amélioration, Génétique et Physiologie Forestière (UR 0588), INRA Orléans

Principaux partenaires : Association de l'interprofession de la filière forêt bois en Région Centre (Arbocentre), Orléans ; Institut de Chimie Organique et Analytique, ICOA Université Orléans ; Alban Muller International, Fontenay sur Eure ; Institut Français de la Vigne et du Vin ; Aegilops, Val-De-Reuil

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Analyse de la diversité génétique de la collection CIRM-BP de souches de Coxiella burnetii d'origine animale, par une approche de génomique comparative (2013-2015)

Financement AIP Bioressources et fonds propres

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Investigation des spécificités génomiques des souches d'Escherichia coli isolées de mammites bovines, étude de la pertinence de leur groupement en pathovar distinct (2012-2014)

Financement AIP Bioressources

Principaux partenaires : Pierre Germon, équipe 2IM, UMR ISP INRA Nouzilly

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Projet Région Centre / Pôle Agronomique Ouest OVAL (2011-2014)

Caractérisation fonctionnelle de fractions des oeufs clairs et valorisation en alimentation animale / Diagnostic précoce du sexe des embryons 

Coordination : Yves Nys, Equipe FRPO, Unité de Recherche Avicale UR 83 INRA Nouzilly

Principaux partenaires : UMR 1079 SENAH, INRA Rennes ; UMR 1253 STLO INRA Rennes ; CEMAGREF Rennes, LTSI INSERM-UMR642 U.Rennes1, GRELIER France Accouveur, Groupe GRIMAUD

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Projet "Pasteurellose lapin" (2009-2014)

Mise au point d'une méthode de génotypage de Pasteurella multocida et analyse de la biodiversité des souches françaises d'origine cunicole

Financement AGENAVI

Coordination : Hervé Garreau, INRA, UR 0631 SAGA, INRA Toulouse

Principaux partenaires : Frédéric Lantier, UMR ISP INRA Nouzilly ; Plateforme d'Infectiologie Expérimentale PFIE, INRA Nouzilly ; UR 0631 SAGA, INRA Toulouse

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CFBP Type (2011-2013)

Effectuer la caractérisation moléculaire de l’ensemble des ressources de la collection et mettre en place une base de données de séquences associées aux souches.

Financement IBiSA

Participant : CIRM-CFBP

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BRCLims (2011-2012)

Elaboration d'un logiciel de seconde génération de gestion de souches et d'ADN de micro-organismes

Financement IBiSA

Participants : CRBIP, CRB Leishmania, CRB Taxoplasma, CIRM, EEM, ANSES

Projet ANR Blanc OVOMINING (2009-2012)

Caractérisation biochimique et fonctionnelle de molécules antimicrobiennes nouvellement identifiées dans l’œuf

Coordination : Yves Nys, Equipe FRPO, Unité de recherche Avicole UR 83 INRA Nouzilly

Principaux partenaires : Equipe FRPO, Unité de Recherche Avicole UR 83 INRA Nouzilly ; Plateforme de protéomique Analytique et Fonctionnelle (PPAF, INRA Nouzilly) ; Centre de biophysique moléculaire/CNRS Orléans ; University of Ottawa, Canada

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Food Microbiomes (2009-2012) ANR ALIA

Projet visant à mettre en place des outils, en particulier de métagénomique, pour analyser les flores des fromages, leur évolution au cours de l'affinage et leur inocuité

Participants : INRA Jouy en Josas, SOREDAB, CIRM-Levures, CNIEL...

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