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CIRM Centre International de Ressources Microbiennes

Prestations de service

Le CIRM-BP propose de réaliser des prestations de service selon vos besoins dans les domaines de l'identification, la caractérisation phénotypique et/ou moléculaire et la conservation des souches. Le CIRM-BP propose également de caractériser le potentiel antibactérien de vos molécules sur un panel de bactéries pathogènes.

   

Identification taxonomique moléculaire des souches bactériennes au niveau de l'espèce

L'identification moléculaire pourra être effectuée par séquençage de l'ADNr 16S ou d'autres gènes plus appropriés le cas échéant.

Typage moléculaire de souches

Le typage moléculaire peut-être réalisé par MLVA (Multi Locus VNTR (Variable Number of Tandem Repeats) Analysis) ou par MLST (Multi Locus Sequence Typing) en fonction des techniques déjà existantes et du contexte et de l'objectif du typage. La mise au point de ces techniques peut également être envisagée lorsqu'elles ne sont pas encore décrites pour l'espèce bactérienne ciblée.

Détermination du répertoire de gènes de virulence d'une souche

Recherche par PCR de la présence des gènes de virulence connus pour l'espèce bactérienne considérée.

Préparation d'ADN génomique 

Selon la demande, les modalités de contrôle de l'ADN extrait pourront comprendre les étapes suivantes :

  • Migration sur gel
  • Dosage Nanodrop
  • Amplification par PCR
  • Authentification moléculaire

Identification et caractérisation phénotypique des souches de bactéries pathogènes 

Les techniques de bactériologie classique sont utilisées afin de déterminer le profil phénotypique des souches et de les identifier. Par ailleurs, les paramètres de croissance de souches peuvent être comparés dans différentes conditions de culture (température, milieu, pH) à l'aide du Bioscreen C (méthode turbidimétrique).

Détermination de la sensibilité ou résistance aux antibiotiques

Réalisation d'antibiogrammes ou détermination de Concentration Minimale Inhibitrice (CMI).

Dépôt confidentiel de sécurité

Les souches sont à la fois cryoconservées en azote liquide dans deux sites de stockage distincts et lyophilisées sous vide en ampoule de verre. Pour des raisons de sécurité, elles sont identifiées au niveau de l'espèce avant la mise en conservation. La responsabilité de l'origine des souches ainsi que leur provenance est entièrement assumée par le déposant qui restera propriétaire et utilisateur exclusif des souches déposées. En savoir plus

Caractérisation du potentiel antibactérien de molécules d'intérêt sur un panel de bactéries pathogènes 

La détermination de la Concentration Minimale Inhibitrice (CMI) pourra être réalisée avec plusieurs méthodes dont la détermination spectrophotométrique de cinétiques de croissance bactérienne en présence de la molécule testée (utilisation de microplaques et d'un Bioscreen C) et la détermination de diamètres d'inhibition par diffusion radiale en milieu gélosé.