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CIRM Centre International de Ressources Microbiennes

Outils bioinformatiques

Logo PhyloSearch

Le CIRM développe PhyloSearch, outil en ligne d'aide à l'identification bactérienne.

Le principe est de comparer la séquence d'un fragment de gène d'un isolat (obtenue en suivant nos protocoles) avec notre base de données.
Le résultat est transmis sous forme d'arbre phylogénique, permettant de donner une première approximation de sa position taxonomique.

SkIf

SkIf est un logiciel de génomique comparative permettant de détecter des régions génomiques (du SNP à des îlots génomiques) spécifiquement associées à un groupe d'organismes (défini par l'utilisateur).

Family-Companion

Family-Companion est un outil permettant le calcul, l'analyse et l'exploration de groupes d'homologies.

    

KI-S

KI-S est un outil permettant d'effectuer une comparaison taxonomique très rapide de séquences génomiques.

      

Galaxy-cfbp

Certains outils sont disponibles sur l'instance Galaxy du CIRM-CFBP.