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Datapartage

DOI et ressources génétiques

Les ressources génétiques, en particulier le matériel biologique patrimonial ou scientifique géré au sein de Centre de Ressources Biologiques (CRB), sont largement diffusées à l'INRA et à l'International. Afin de tracer ces échanges de matériel, il devient indispensable de leur affecter un identifiant unique, à l'image d'un code-barre. Ainsi, le DOI permet d'une part d'accéder à des métadonnées et données associées à ce matériel, et d'autre part d'identifier le matériel similaire maintenu ailleurs dans le monde et rationaliser sa conservation.

A quelles ressources génétiques attribuer des DOI ?

Les DOI sont assignés prioritairement aux matériels qui ont vocation à être distribués, que ce soit sous le Système MultiLatéral du Traité de la FAO ou pas. Ces DOI seront référencés sur le web et les métadonnées associées seront publiques. Cependant, il est également possible d'assigner des DOI à du matériel non distribué, afin de simplifier la gestion de ce matériel. Dans ce cas, le DOI restera en interne, ne sera pas référencé sur le web et les métadonnées ne seront pas nécessairement publiques.

Un DOI est assigné à chaque entrée du catalogue du CRB (accession, lignée, population, ...). En effet, les descendants et échantillons provenant de cette entrée, maintenus par le CRB et qui sont censés être génétiquement similaires, porteront le même DOI.

Dans le cas d'un transfert de matériel vers un autre CRB, la nouvelle accession portera un nouveau DOI, lié au DOI du CRB fournisseur via le système mis en place par la FAO.

Comment assigner un DOI à une ressource génétique ?

Il existe actuellement deux possibilités :

  1. Utiliser le système de référencement fourni par la FAO. Les métadonnées demandées sont spécifiques aux ressources génétiques. Le DOI référence une page web du Global Information System (GLIS : http://www.fao.org/plant-treaty/areas-of-work/global-information-system/fr/) ;
  2. Utiliser le système de référencement fourni par l'INRA. Les métadonnées sont génériques à tous les objets numériques. Le DOI référence une page web maison.

Exemple des ressources génétiques végétales

Il existe à l'INRA un entrepôt spécialisé dans la publication d'accessions végétales et de leurs données génétiques et génomiques (GnpIS : https://urgi.versailles.inra.fr/gnpis/). Cet entrepôt fait appel à l'API de l'INRA pour demander l'attribution et éventuellement le référencement pour les accessions pour lesquelles le propriétaire fait la demande. L'entrepôt fournit en retour la liste des DOI générés.

Voir aussi

Guidelines for the optimal use of Digital Object Identifiers as permanent unique identifiers for germplasm samples- v.1. http://www.fao.org/3/a-bq549e.pdf