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Dernière mise à jour : Mai 2018

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DECODAGE – Communauté d’Annotation des Génomes

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Structural and functional automatic annotation pipeline

Structural and functional automatic annotation pipeline

Biological interpretation, i.e. annotation, is not keeping pace with the avalanche of raw sequence data. Finding genes encoding proteins and determine their functions in a genomic sequence is far from being a trivial problem (Mathé et al. [2002] Nucleic Acids Research 30:4103-4117; Yandell and Ence [2012] Nature Reviews Genetics 13:329-342). Moreover, as the wheat genome contains more than 85% of repeat sequences (mainly transposable elements), annotation of such biological targets is also far from being a trivial challenge (Choulet et al. [2010] The Plant Cell 22:1686-1701). Pseudogenes identification is also an issue which should be taken with caution (Pei et al. [2012] Genome Biology 13:R51). However, a long term project in wheat is to decipher the chromosomal location and biological function of all genes because this knowledge should greatly enhance our understanding of the biology of the wheat plant and create a new paradigm for the improvement of this major crop in the world. Improved and developed mainly on wheat species the TriAnnot pipeline is now extended to other plant species (Barley, Rice, maize, Oak).

Wheat BAC sequences are ready for annotation and the number of sequences available will now increase rapidly through the International Wheat Genome Sequencing Consortium (IWGSC). Therefore, it is essential to develop and offer to the scientific wheat community new resources for efficient BAC sequence analysis, as well as a platform for the re-annotation of BAC sequences as knowledge of the wheat genome sequence is increasing and new genes and elements are identified.

The TriAnnot pipeline is a BAC/contigs/scaffold sequence automated structural and functional annotation system and can be used for regularly updating previous sequence annotations based on a world good will of experts under the umbrella of IWGSC. This system integrates programs for prediction and analysis of gene encoding protein structure and function, ncRNAs, as well as identification of Transposable Elements (TEs) and repeats. Moreover, the pipeline identifies as well potential genetic markers such as microsatellites.

TriAnnot can be used for small and large scale analyses.

The TriAnnot pipeline can be accessed at http://www.clermont.inra.fr/triannot with a login and password that is provided, for server security reasons, after the signature of an “Agreement and Access Rights” documents.

In principle, the pipeline can be used to annotate full genomes. However for technical reasons and parallelization purposes, the upper limit for submitting a sequence at once is set to 3 Mb in the current version. Annotating several Mb or Gb of sequence this way would be cumbersome and therefore, the online access is more adapted to small scale analyses (i.e. BAC or small BAC contigs) in which the user can submit its sequence directly on the webpage (copy/paste or download) and start the analysis with a single click. In this configuration, TriAnnot can deliver a BAC annotation in less than one hour.

Large datasets (>10Mb) can be uploaded, upon request to triannot-support@clermont.inra.fr, in a specific repository on the cluster at URGI. A simple program launcher is then used to launch the TriAnnot pipeline on the parallelized environment. In this case, pending that all nodes are available, 1Gb of sequence can be analyzed in less than 3 days.

Feel free to ask an account to use TriAnnot pipeline for structural and functional annotation of plant sequences.