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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Encyclop'Aphid : l'encyclopédie des pucerons

Encyclop'APHID

Bases de données

Les informations sur les génomes sont variées, complexes et très nombreuses. Il est donc nécessaire de développer des bases de données dédiées permettant de stocker, ordonner et présenter les données. C’est le cas d’AphidBase qui regroupe les données des génomes de plusieurs espèces de pucerons, y compris celles de leurs parasitoïdes.

Cette base de données permet de visualiser les portions génomiques séquencées, assemblées et annotées. Au-delà de la séquence génomique, sont positionnés les gènes prédits, les protéines prédites, les éléments répétés et transposons et la présence de transcrits identifiés dans un grand nombre de conditions biologiques (tissus, stades de développement, morphes…). Des outils comme des recherches de similarités (Blast) sont en ligne ainsi que des liens avec la phase PhylomeDB (pour la recherche de gènes orthologues) ou AcypiCyc pour la modélisation des cycles métaboliques reconstruits chez le puceron du pois par exemple.

aphidbase

 

AphidBase offre aux afficionados génomiciens plusieurs outils: Jbrowse pour visualiser les portions de génomes ou les gènes d'intérêt, Apollo pour l'annotation experte d'un génome, Blast pour comparer des séquences à des bases de données, PhylomeDB pour étudier l'histoire évolutive des gènes, AcypiCyc pour modéliser les cycles métaboliques mettant en jeu les gènes du puceron du pois et GO pour standardiser la représentation des gènes et de leurs produits.