En naviguant sur notre site vous acceptez l'installation et l'utilisation des cookies sur votre ordinateur. En savoir +

Menu Logo Principal AGROCAMPUS OUEST Université Rennes I

Encyclop'Aphid : l'encyclopédie des pucerons

Encyclop'APHID

Bases de données

Les informations sur les génomes sont variées, complexes et très nombreuses. Il est donc nécessaire de développer des bases de données dédiées permettant de stocker, ordonner et présenter les données. C’est le cas d’AphidBase qui regroupe les données du génome du puceron du pois (Acyrthosiphon pisum) et qui accueillera également les données des prochains génomes de pucerons.
Cette base de données permet de visualiser les portions génomiques séquencées, assemblées et annotées. Au-delà de la séquence génomique, sont positionnés les gènes prédits, les protéines prédites, les éléments répétés et transposons et la présence de transcrits identifiés dans plus de 17 conditions variées (tissus, stades de développement, morphes…), Des outils comme des recherches de similarités (Blast) sont en ligne ainsi que des liens avec la phase PhylomeDB (pour les orthologues des gènes du puceron du pois chez d’autres espèces d’insectes) ou AcypiCyc pour la modélisation des cycles métaboliques reconstruits chez le puceron du pois.

Aphidbase : génome du puceron du pois

 

AphidBase offre aux afficionados génomiciens plusieurs outils: Gbrowse pour visualiser les portions de génomes ou les gènes d'intérêt, Apollo pour l'annotation experte d'un génome, Blast pour comparer des séquences à des bases de données, PhylomeDB pour étudier l'histoire évolutive des gènes, AcypCyc pour modéliser les cycles métaboliques mettant en jeu les gènes du puceron du pois et Go pour standardiser la représentation des gènes et de leurs produits.