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Encyclop'Aphid : l'encyclopédie des pucerons

Encyclop'APHID

Etudes fonctionnelles

Les données de génomiques sont des premiers éléments pour aborder les mécanismes de régulation de l’expression génique chez les pucerons et notamment dans les grandes fonctions physiologiques, développementales, d’interaction et comportementales qui leurs sont propres. Des approches de transcriptomique (RNA-Seq) sur les ARNm et les ARN non-codants, d’épigénétique (méthylation d’ADN, modifications post-traductionnelles des histones) sont autant de ressources génomiques nécessaires à la description de ces fonctions. L’intégration de ces données grâce à la bioinformatique et la modélisation permettra de proposer des réseaux de gènes pour poser de nouvelles hypothèses sur le rôle des programmes génétiques dans ces fonctions.

La démonstration du rôle de gènes clefs doit se faire par des études fonctionnelles visant à modifier l’expression des gènes candidats et étudier l’effet de ces modifications sur les phénotypes attendus. Actuellement, seules des expériences d’ARN interférence (RNAi) sont disponibles chez les pucerons comme outil fonctionnel, avec des taux de réussite très variables entre tissus ciblés, gènes et laboratoires.

 

Exemple d'interrogation du navigateur (browser) sur AphidBase pour afficher des portions annotées du
 génome du puceron du pois (Acyrthosiphon pisum)

séquence du génome du pois

 

L'application AphidBAse permet de visualiser les différents gènes : les parties non codantes ou introns sont représentées par trait fin et les parties codantes ou exons par un trait épaissi. La séquence Refseq (en violet) correspond au gène prédit et la séquence DGIL mix3 (en rouge) comprend une partie exprimée qui a été ajoutée après une annotation réalisée par des experts.