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L'approche intégrative de EPITREE comprend 5 WorkPackages (WP) :

WP1 - Identification de régions candidate pour l'analyse épigénomique par séquençage bisulfite - Leading Scientists: S. Maury (P1), J Tost (P6)

• Sélection de génotypes de peuplier et de chêne pour le séquençage WGBS (whole-genome bisulfite sequencing)

WP2 - Caractérisation de l'étendue de la variation épigénomique dans des populations naturelles et ses conséquences fonctionnelles, en utilisant les régions candidates préalablement identifiées et une approche basée sur la capture de séquence suivie de séquençage de type bisulfite - Leading Scientists: V Segura (P2), C. Plomion (P3)

• Caractérisation de l'étendue de la variation épigénomique dans des populations naturelles de chêne sessile (Q. petraea) et de peuplier noir (P. nigra) pour évaluation des conséquences fonctionnelles

WP3

• Quantifier l'étendue des interactions G × E pour les variations épigénomique, transcriptomique et phénotypique
  • Caractériser les interactions G×E à travers les normes de réaction et les indices de plasticité

WP4

• Développer des méthodes statistiques au travers d'un framework bioinformatique, pour intégrer des données hétérogènes à différentes échelles et analyser leur pertinence pour la prédiction phénotypique
•  Intégration de l'expression des gènes et des données de méthylation
•  Impact de l'évolution à long terme sur l'adaptation à court terme des arbres

WP5

• Gestion scientifique et administrative
•  Dissémination
•  Activités d'enseignement