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Le GIS Coop comprend 5 groupes opérationnels, chacun comportant tout ou partie des Coopérateurs et gérant un réseau expérimental spécialisé : 3 réseaux résineux (Douglas, Pin laricio, Pin maritime), 1 réseau feuillu traitant des Chênes sessile et pédonculé et 1 réseau Forêt hétérogène (mélange d’espèces et/ou structure irrégulière). Chaque groupe, pour son réseau, est responsable du plan d’échantillonnage, des protocoles expérimentaux et de mesures, de l’installation et du suivi des dispositifs, et de la qualification des données avant chargement dans la base de données. 

A ces 5 groupes opérationnels s’ajoute le groupe transversal CoopEco, auquel participent tous les Coopérateurs. Ce groupe est responsable du protocole de caractérisation écologique des dispositifs (flore, humus, sol) et de l’adaptation du plan d’échantillonnage des dispositifs pour prendre en compte les conditions pédoclimatiques actuelles et futures dans la construction de chacun des 5 réseaux. Il coordonne les campagnes de caractérisation écologique des dispositifs en lien avec chaque groupe opérationnel.

Enfin, la Cellule Technique contrôle la cohérence des données transmises par les groupes opérationnels, assure la gestion et l’alimentation de la base de données et gère les droits d’accès à la base de données selon les règles définies par la convention du GIS Coop.