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XYLOBIOTECH, biotechnologies forestières

Site de Cestas: FCBA - Site de Recherches Forêt Bois de Pierroton - 71, Route d'Arcachon - 33610 CESTAS

Site d'Orléans : INRAE - Centre Val de Loire - 2163, Avenue de la pomme de pin - CS 4001 Ardon - 45075 Orléans Cedex 2

 http://biotech.xyloforest.org/

La plateforme XYLOBIOTECH est une infrastructure reposant sur un partenariat fort (depuis 2004) entre FCBA et INRAE qui vise à développer et promouvoir l’utilisation des biotechnologies dans le domaine forestier. XYLOBIOTECH répond aux besoins en recherche, formation et services exprimés par des équipes de recherche, des entreprises ou des associations en matière de multiplication végétative, de cryoconservation, de traçabilité (marquage moléculaire) et de micro-phénotypage (histocytologie) des ressources génétiques forestières. Elle offre également une expertise reconnue en transformation génétique des arbres forestiers à des fins expérimentales. Enfin, la bio-protection des arbres (utilisation des micro-organismes symbiotiques) est un nouvel axe de développement technologique de la plateforme.

XYLOBIOTECH s’appuie sur les experts (Chercheurs, Ingénieurs et Techniciens) et équipements (laboratoires, serres spécialisées dont serre de type S2) du Pôle Biotechnologie et Sylviculture Avancée (BSA) de FCBA (site de Cestas près de Bordeaux) et de l’UMR Biologie intégrée pour la valorisation de la diversité des Arbres et de la Forêt (BioForA) de INRAE (site d’Ardon près d’Orléans). XYLOBIOTECH est une plateforme référencée par ERIFORE, l’infrastructure européenne de recherche forestière en matière de bioéconomie circulaire.

La plateforme XYLOBIOTECH est dotée d’une Charte d’utilisation et les services proposés par XYLOBIOTECH sont consultables sur le site Web.

Nos activités concernent principalement :

• La multiplication végétative de feuillus et conifères par les voies classiques (greffage, bouturage) et in vitro (micro-greffage, microbouturage, embryogenèse somatique). Cette activité bénéficie de laboratoires, chambres de cultures in vitro et serres automatisées.
• La cryoconservation de pollen, graines, bourgeons, apex, méristèmes, masses embryogènes par différentes techniques (tissus/organes dormant, « slow cooling », encapsulation/déshydratation, vitrification …).
• La transformation génétique basée sur l’utilisation des outils Agrobacterium pour la génomique fonctionnelle chez des espèces modèles feuillus (peuplier) ou conifère (pin maritime). Cette activité s’appuie sur des équipements dédiés à la manipulation d’organismes génétiquement modifiés comme la serre de type S2 à FCBA et le Laboratoire d’Ingénierie Cellulaire de l’Arbre (LICA) à INRAE (voir ce service sur ce site).
• Une offre de marquage moléculaire pour le diagnostic rapide en matière de traçabilité, diversité et composition génétique (PCR-AFLP/RFLP, SSR, SNP) d’un large éventail d’espèces forestières.
• Une expertise transversale en histocytologie pour le microphénotypage des produits de la recherche (microscopie confocale laser, stéréomicroscopie en fluorescence, Imageur).

La plateforme fournit des prestations d’expertise/conseil et de R&D pour des projets régionaux, nationaux et internationaux. Elle œuvre également pour la formation académique ou dans le cadre de la formation professionnelle continue. XYLOBIOTECH met certains équipements à disposition des utilisateurs (location).

Une équipe support de 13 personnes (personnel permanent, 8 à FCBA et 5 à INRAE) assure la bonne gestion de la plateforme XYLOBIOTECH et la réalisation des différents projets et développements technologiques. La gouvernance est assurée par l’équipe support et le Comité d'Usagers (9 membres dont 3 privés). XYLOBIOTECH bénéficie d’une forte contribution des scientifiques et ingénieurs de FCBA/BSA (4) et INRAE/BioForA (3).

Les services de XYLOBIOTECH sont ouverts à tous les acteurs académiques, associations, entreprises et industriels. Toute question ou demande d’accès aux équipements et services proposés par XYLOBIOTECH doivent être adressées à Magdalena KUTNIK (site FCBA, coordinateur du plateau) ou Françoise Laurans (site d’Orléans). Les conditions d’accès aux sites FCBA et INRAE sont décrites dans la Charte d’Utilisation et sur le site Web.

Pour la définition, la mise en œuvre et la conduite des projets des utilisateurs, XYLOBIOTECH s’engage à :

• Mettre à disposition du personnel formé et compétent.
• Proposer des équipements performants et opérationnels.
• Mettre à disposition les techniques associées à ces matériels.
• Former les utilisateurs à la réalisation des actions et leur apporter une assistance technique.
• Proposer un système de gestion qui optimise la capacité de la plateforme à conduire les projets et les analyses conformément aux demandes des utilisateurs.
• Informer régulièrement les utilisateurs de l’état d’avancement de leur projet.
• Restituer les résultats d’analyses dès que possible.
• Respecter la confidentialité sur la nature et les résultats des projets réalisés.

Vous souhaitez accéder aux services de XYLOBIOTECH ?

Afin d’étudier votre demande, merci de contacter par mail ou par téléphone le responsable du site XYLOBIOTECH (FCBA ou INRAE) concerné par l’analyse que vous souhaitez réaliser ou par la technique que vous souhaitez utiliser. Veillez à préciser l’espèce, le nombre et le type d’échantillons, la technique ou l’équipement à utiliser et toute autre information utile relative à votre matériel.

Après instruction de votre demande par nos experts (étude de faisabilité), nous vous proposerons le type de projet qui peut répondre à vos attentes (prestation de service réalisée par le personnel de la plateforme, utilisation par vous-même d’un équipement, projet collaboratif de recherche, formation académique ou professionnelle). Des documents à compléter vous seront alors remis pour permettre à votre projet d’être engagé. Dès lors, nous vous informerons des conditions biologiques, de conditionnement, de transport et de stockage à respecter pour votre matériel. Dans le cas où vous seriez amenés à travailler sur notre plateforme, nous assurerons l’encadrement initial nécessaire en matière d’hygiène et de sécurité, d’accès et d’utilisation des laboratoires et équipements.

La tarification est définie au cas par cas par les tutelles des entités XYLOBIOTECH (FCBA ou INRAE).

• Site FCBALa tarification correspond aux frais d'ouverture et de gestion du dossier, au coût complet de la main d'œuvre du personnel de FCBA/BSA participant aux prestations, à l'information et à la formation des utilisateurs, aux consommables ainsi qu’à une participation aux charges de structure. Des modalités de financement particulières pourront être définies dans le cadre de contrats spécifiques (volume important de prestation, projet de R&D dont FCBA est partenaire).
• Site INRAELa tarification diffère selon le type d’utilisateur :
  • Coût marginal (coût d’utilisation des laboratoires/équipements et de la main d’œuvre hors salaire public) pour les utilisateurs issus d’un EPST (Établissement Public Scientifique et Technique).
  • Coût complet environné (coût d’utilisation des laboratoires/équipements et de la main d’œuvre incluant les salaires publics et les charges de structures) pour les utilisateurs privés.

La liste et la présentation des équipements de XYLOBIOTECH est disponible ici. La plateforme inclut les équipements majeurs suivants :

Sur le site FCBA de Bordeaux

• Un laboratoire de culture in vitro (206 m², capacité de production de 30 000 plants) : préparation, autoclavage et distribution automatique des milieux de culture, 4 hottes à flux laminaire (8 postes), 3 chambres de culture lumineuses (24 m²), une chambre de culture obscure (17 m²), une chambre de conservation à 4°C (7 m²), 3 enceintes climatiques, 2 étuves à dessiccation, loupes et microscopes optiques, caméra d’observation.
• Une cellule de cryoconservation (16 m²) : 7 cryoconservateurs dont 2 en phase liquide et 5 en phase vapeur à ajustement automatique d’azote (capacité de stockage de 38 000 échantillons), congélateur programmable à azote (capacité : 100 échantillons), rampe d’alimentation commune des cryoconservateurs, 2 nourrices (300 L d’azote), sécurisation par centrale d’alarme (sondes oxymétriques), base de données spécialisée pour la gestion des échantillons congelés (Coolbase).
• Un laboratoire de transformation génétique (20 m², accès protégé) : hotte bactériologique PSII pour la microbiologie, étuves bactériologiques et congélateur,
• Un laboratoire de biologie moléculaire (126 m²) : extraction, purification, et dosage d’ADN, robot pipeteur, PCR, électrophorèse en gel d’agarose et capillaire pour le génotypage (marqueurs SSR en particulier).
• Une serre expérimentale automatisée (422 m²) pour l’acclimatation et l’élevage de plantes in vitro dont 140 m² réservés à la culture de plantes transgéniques (serre confinée de type S2, accès protégé). Cet espace autorise également les développements en matière de bio-protection des arbres (inoculation de mycorhizes et endophytes).
• Une serre conventionnelle (384 m²) pour le durcissement, la collection et la multiplication par bouturage.
• Une chambre climatique (phytotron) de grande capacité permettant d'étudier l'effet de paramètres environnementaux (température, photopériode) sur des plants entiers en pots.

Sur le site INRAE d'Orléans

• Un laboratoire de préparation de coupes histologiques de tissus végétaux : microtome, inclusion, coloration.
• Un microscope confocal à balayage laser (Zeiss LSM700) : localisation par imagerie 3D de l'expression des gènes et/ou de la présence de certains constituants chimiques des parois végétales (mesures du trafic intra/intercellulaire, localisation in situ, immunolocalisation).
• Un stéréomicroscope en fluorescence automatisé (Leica M205F) : localisation de molécules fluorescentes.
• Un imageur Pxi (Syngen Ozyme) : révélation par chimioluminescence de western blots, northern blots et Southern blots.