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Dernière mise à jour : Mai 2018

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FINN Rob

Rob FINN
© Rob FINN
Rob FINN - Présentation invitée / Invited keynote lecture

Session - Méta-omiques & Génomique Environnementale - Meta-omics & Environnemental Genomics

Towards understanding the functional and taxonomic repertoire of a metagenome

In this talk, I will outline the rapidly developing field of metagenomics and some of the different applications of the technique. I will then describe the EBI (European Bioinformatics institute) metagenomics analysis portal, a free to use community resource for the archiving and interrogation of metagenomic data.  While some systems perform assembly of the DNA sequence reads, this analysis platform uses the InterPro database to determine the functional potential of the metagenome.  The current pipeline still uses 16S ribosomal RNA for taxonomic characterization of the bacteria present, alternative approaches are needed to characterize both viruses and eukaryotic DNA that are present.  I will present some preliminary results on an alternative system that we have been investigating, which permits the linking of taxonomy and function. Finally, I will present our some of the latest updates to the EBI metagenomics website, which permits the basic comparison of samples from a metagenomic project.

Dr. Rob FINN

European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
UK

rdf@ebi.ac.uk

Dr. Rob FINN

Rob Finn leads the Protein Families team at the European Molecular Biology Laboratory - European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI). This team is responsible for two of the most widely used resources for annotating proteins – InterPro and Pfam. The Protein Families team is also responsible for other important databases such as MEROPS and Rfam (RNA families).   Rob also has a keen research interest in the understanding of environmental community structures, and is responsible for the EBI metagenomics portal.

Prior to joining EMBL-EBI, Rob worked at Janelia Research Campus in the US, where he led a group that designed fast, web-based protein sequence homology searches - the HMMER webservers.   These servers marry a mixture of bleeding edge software and hardware to achieve a high level of performance.  These have since been migrated to EMBL-EBI, where users can search large sequence collections in just a few seconds.

Between 2001-2010, he was the project leader for Pfam at the Wellcome Trust Sanger Institute in the UK.  It was during this time, that Rob really homed his computing skills, becoming a strong software and database developer.  Rob oversaw the change of Pfam from a science project, to a full-fledged production database, serving tens of thousands of hits per day. 

Rob studies Microbiology for his B.Sc. and Biochemistry for his Ph.D., both a Imperial College, London, UK.