En savoir plus

Notre utilisation de cookies

« Cookies » désigne un ensemble d’informations déposées dans le terminal de l’utilisateur lorsque celui-ci navigue sur un site web. Il s’agit d’un fichier contenant notamment un identifiant sous forme de numéro, le nom du serveur qui l’a déposé et éventuellement une date d’expiration. Grâce aux cookies, des informations sur votre visite, notamment votre langue de prédilection et d'autres paramètres, sont enregistrées sur le site web. Cela peut faciliter votre visite suivante sur ce site et renforcer l'utilité de ce dernier pour vous.

Afin d’améliorer votre expérience, nous utilisons des cookies pour conserver certaines informations de connexion et fournir une navigation sûre, collecter des statistiques en vue d’optimiser les fonctionnalités du site. Afin de voir précisément tous les cookies que nous utilisons, nous vous invitons à télécharger « Ghostery », une extension gratuite pour navigateurs permettant de les détecter et, dans certains cas, de les bloquer.

Ghostery est disponible gratuitement à cette adresse : https://www.ghostery.com/fr/products/

Vous pouvez également consulter le site de la CNIL afin d’apprendre à paramétrer votre navigateur pour contrôler les dépôts de cookies sur votre terminal.

S’agissant des cookies publicitaires déposés par des tiers, vous pouvez également vous connecter au site http://www.youronlinechoices.com/fr/controler-ses-cookies/, proposé par les professionnels de la publicité digitale regroupés au sein de l’association européenne EDAA (European Digital Advertising Alliance). Vous pourrez ainsi refuser ou accepter les cookies utilisés par les adhérents de l'EDAA.

Il est par ailleurs possible de s’opposer à certains cookies tiers directement auprès des éditeurs :

Catégorie de cookie

Moyens de désactivation

Cookies analytiques et de performance

Realytics
Google Analytics
Spoteffects
Optimizely

Cookies de ciblage ou publicitaires

DoubleClick
Mediarithmics

Les différents types de cookies pouvant être utilisés sur nos sites internet sont les suivants :

Cookies obligatoires

Cookies fonctionnels

Cookies sociaux et publicitaires

Ces cookies sont nécessaires au bon fonctionnement du site, ils ne peuvent pas être désactivés. Ils nous sont utiles pour vous fournir une connexion sécuritaire et assurer la disponibilité a minima de notre site internet.

Ces cookies nous permettent d’analyser l’utilisation du site afin de pouvoir en mesurer et en améliorer la performance. Ils nous permettent par exemple de conserver vos informations de connexion et d’afficher de façon plus cohérente les différents modules de notre site.

Ces cookies sont utilisés par des agences de publicité (par exemple Google) et par des réseaux sociaux (par exemple LinkedIn et Facebook) et autorisent notamment le partage des pages sur les réseaux sociaux, la publication de commentaires, la diffusion (sur notre site ou non) de publicités adaptées à vos centres d’intérêt.

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit des cookies sessions CAS et PHP et du cookie New Relic pour le monitoring (IP, délais de réponse).

Ces cookies sont supprimés à la fin de la session (déconnexion ou fermeture du navigateur)

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit du cookie XiTi pour la mesure d’audience. La société AT Internet est notre sous-traitant et conserve les informations (IP, date et heure de connexion, durée de connexion, pages consultées) 6 mois.

Sur nos CMS EZPublish, il n’y a pas de cookie de ce type.

Pour obtenir plus d’informations concernant les cookies que nous utilisons, vous pouvez vous adresser au Déléguée Informatique et Libertés de l’INRA par email à cil-dpo@inra.fr ou par courrier à :

INRA
24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

Menu Logo Principal Université Blaise Pascal Université d'Auvergne - Organisateur Officiel Société Française de Bioinformatique

JOBIM 2015 Clermont-Ferrand

ROMBAUTS Stéphane

Stéphane ROMBAUTS
© Stéphane ROMBAUTS
Stéphane ROMBAUTS - Présentation invitée / Invited keynote lecture

Session - Organisation & Expression des Génomes - Organization & Genome Expression

The next challenge: sequencing, assembling and annotation of complex genomes with NGS.

New Generation Sequencing (NGS) unleashed the genomes of numerous organisms, including plants like pinus, and wheat with large and complex genomes. But also the genomes of pet-organisms for which earlier, no sufficient budgets could ever been collected.

The access, thanks to technological advances with NGS, has given us insight into genomes with features never seen before. With genes imbricated in each other, genes in introns of others, compactness of the genomes leaving a priori no space for regulatory elements… and thus questioning our understanding of how a genome “looks like”, with all the consequences at gene prediction level.

On the other hand, NGS lead to endeavors that were doomed to fail. The short reads, no matter how much coverage generated, are not suited for large, repeat-rich genomes like those of some plants. Luckily technology advances so fast, bringing new approaches, but also new challenges.

Stéphane ROMBAUTS
Bioinformatics & Systems Biology Division
VIB Department of Plant Systems Biology,
Ghent University
Technologiepark 927,
9052 Gent,
BELGIUM

strom@psb.vib-ugent.be

Stéphane ROMBAUTS

During my career, in the group of Pierre Rouzé, I have been involved in many genome project, mainly on plants and other « greens ».  With time the diversity of organisms expanded towards symbionts and pests of these green organisms broadening the panel of organisms to arthropods in general, including even crustaceans. While annotating genomes, I contributed in the early designing of the eugene software developed by Thomas Schiex and used this software ever since on the above genomes. The diversity of projects and genomes resulted in being listed among the most sited plant biologists (19th at the European level) and even more recently listed among the 1% most sited scientist on the topic of animal and plant sciences.

I currently keep working at providing as good as possible annotation on new genomes, but also more and more I got involved in the design of sequencing strategies, incorporating the latest approaches and technologies to tackle even more complex genomes like polyploids and other very large genomes.

Unlike many, I didn’t have to move much around the globe, and I’m among the first members of the VIB: a multi-disciplinary, research institute grouping the Flemish top laboratories on topics as diverse as human genetic diseases, plants, yeast and flies. The bioinformatics group, in Ghent, now lead by Yves Van de Peer comprises around 30 people working on genomes, and their evolution.