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Dernière mise à jour : Mai 2018

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SEGRE Daniel

Daniel SEGRE
© Daniel SEGRE
Daniel SEGRE - Présentation invitée / Invited keynote lecture

Session - Réseaux, Régulation & Modélisation - Network, Regulation & Modeling

Spatio-temporal models of metabolism in microbial communities.

Metabolism, in addition to being the “engine” of every living cell, plays a major role in the cell-cell and cell-environment relations that shape the dynamics and evolution of microbial communities, e.g. by mediating competition and cross-feeding interactions between different species. Despite the increasing availability of metagenomic sequencing data for numerous microbial ecosystems, fundamental aspects of these communities, such as the unculturability of many isolates, and the conditions necessary for taxonomic or functional stability, are still poorly understood. Our lab develops mechanistic computational approaches for studying the interactions between different organisms based on the knowledge of their entire metabolic networks. In particular, we have recently built a new open source platform for the Computation of Microbial Ecosystems in Time and Space (COMETS), which combines metabolic models with diffusion equations to simulate the 3D spatio-temporal dynamics of metabolism in microbial communities. COMETS has been experimentally tested on small artificial communities, and is in principle scalable to hundreds of species in complex environments. I will discuss recent developments and challenges towards the implementation of models for complex microbiomes.

Prof Daniel SEGRÈ

After receiving training in Physics at the University of Trieste, Italy, Daniel Segrè obtained a Ph.D. in Life Sciences at the Weizmann Institute of Science, Israel, where he developed mathematical models for the early stages of the emergence of life on Earth. As a postdoctoral researcher at Harvard Medical School he studied the effects of genetic perturbations on metabolic networks. Dr. Segrè is currently a Professor of Bioinformatics, Biology and Biomedical Engineering at Boston University. Research in his laboratory is focused on understanding how metabolism is regulated within individual microbes, and on how it mediates interactions between species in natural and engineered microbial communities.