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Menu INRA Agrocampus-Ouest Université de Pau et des Pays de l'Adour

Observatoire de Recherche en Environnement Petits Fleuves Côtiers

ORE PFC

Variables biologiques

La densité et la structure des peuplements (macrophytes, invertébrés et poissons)

Les peuplements de macrophytes sont suivis avec une périodicité de cinq ans et leur évaluation est généralement couplée à une cartographie des habitats du cours d’eau. Les protocoles d’étude des macrophytes reposent sur un couplage de méthodes d’estimation et de description par transect et point contact en utilisant l’Indice Biologique Macrophytes en Rivière (IBMR). Les communautés d’invertébrés benthiques sont suivies sur des périodes de temps comparable selon le protocole des Indices Biologiques Globaux Normalisés (IBGN). Les populations de poissons sont inventoriées annuellement sur chaque cours d’eau par deux méthodes. La première consiste à utiliser les infrastructures existantes sur les différents sites qui permettent d’estimer les flux entrant ou quittant le système. La seconde repose sur la mise en place d’inventaires sur différentes stations représentatives des différents habitats des cours d’eau, des estuaires et zones côtières (pêches électriques, filets, nasses…)

La caractérisation démographique des populations de poissons

L’enjeu est l’acquisition de données populationnelles à une échelle spatiale large de façon à couvrir l’ensemble des zones de production en juvéniles disponibles sur les réseaux hydrographiques. Des méthodes légères dites d’indices d’abondance, sont utilisées car elles répondent à ces critères. Plus précisément, il s’agit de la méthode des "Indices d’Abondance saumons (IA SAT) " utilisée au niveau national pour définir les Totaux Autorisés de Capture (TAC) par rivière et de "Vigitruite®", marque déposée INRA (2009). Le nombre de stations inventoriées chaque année à l’automne varie de 12 à 50 selon les sites et les espèces. Ces deux indices ont été développés puis validés sur les sites de l’ORE PFC avant d’être déployés au niveau national. Un indice "lamproie" est en cours de validation et de déploiement. De même, les techniques d’inventaires d’anguilles recommandées au niveau national et mises au point sur le Frémur seront utilisées.

Le suivi individuel

Le marquage par transpondeur (Pit-tag) est utilisé en routine sur les trois sites. Les individus sont marqués au stade juvénile pour les espèces anadromes et au stade adulte pour les espèces catadromes lors d’inventaire ou de contrôles de migrations. Ce marquage est essentiel pour suivre et caractériser les trajectoires de vie individuelle (déplacements, survie, croissance, tactiques alternatives d’histoire de vie).

La caractérisation génétique des populations

Il s’agit de génotyper les individus afin d’analyser la variation spatio-temporelle de la diversité génétique (à court et long-terme et pour différentes parties du bassin) en comparant les populations de certaines espèces sur les différents sites. Des analyses de paternité sont également effectuées pour mesurer la fitness et le succès reproducteur des individus. Par ailleurs, il est prévu d’utiliser des gènes sous sélection, par exemple le gène du complexe majeur d’histocompatibilité (CMH), pour analyser l’adaptation génétique locale des populations en lien avec l’hétérogénéité environnementale (e.g. variation de la diversité des pathogènes entre populations). Des analyses de génétique quantitative sont également réalisées afin de déterminer les parts respectives des effets génétiques et environnementaux dans la variation phénotypique observée au sein et entre les populations (‘common garden experiments’).

L’utilisation de tissus osseux et de structures dures

Lors des différentes opérations de captures (piégeages, inventaires…), des écailles et/ou des morceaux de nageoires sont prélevés sur un grand nombre d’individus. La collection constituée depuis 25 ans s’enrichit chaque année de nouveaux échantillons. L’interprétation des écailles (estimation de l’âge, du temps de séjour en mer ou en eau douce, de la croissance au cours des différentes écophases…) est réalisée par du personnel de l’ORE qui assure également cette expertise au niveau national (U3E, ESE). A cela s’ajoute l’utilisation des otolithes pour les anguilles, les poissons estuariens et marins. Le laboratoire MNHN de Dinard est en charge de l’estimation de l’âge des anguilles pour le programme Européen EELIAD (voir programmes)

2006-UtilisationEcaille

 

Catalogue de données biologiques disponibles

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