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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Ingénierie Bio Informatique et Statistique pour les données haut-débit (IBIS)

Centre d'intérêt du PEPI

Le PEPI bioinformatique et statistique pour les données haut-débit s’adresse aux personnes en charge du traitement et des analyses informatiques et statistiques des très gros volumes de données produits par les technologies à haut-débit (séquençage, métagénomique, trancriptomique, protéomique, métabolomique, ...).
 
 Il s'agit d'échanger sur des outils, des méthodes et plus généralement des pratiques issus des disciplines bioinformatiques et statistiques, pour mieux faire face aux nouveaux défis posés par ces nouvelles approches. 
 
 Le rythme et la variété des innovations logicielles et méthodologiques rendent difficile leur évaluation sans une mise en commun des expériences et des idées des statisticiens et bioinformaticiens confrontés à ces données. Des animations «métier» et collectives sont ainsi nécessaires afin de donner à chacun une base de connaissance commune nécessaire à un dialogue approfondi autour des objets étudiés.

Pour voir les actions menées au sein du PEPI IBIS, vous pouvez consulter le site web du PEPI à l'adresse https://wiki.inra.fr/wiki/pepibioinfostats/Main

Objectifs et Périmètre

Objectifs
 
 L'objectif du PEPI est de faire émerger une nouvelle communauté de bioinformaticiens et statisticiens favorisant l’échange d’information et l’entraide sur le principe d’un partage d’expériences, de méthodes et de pratiques.
 
 Périmètre
 
 Ce réseau est pluri-disciplinaire, interne à l’INRA, national et inter-règnes. Il se situe en complément des différentes structures ou animations existantes autour de la bioinformatique, à l’intérieur ou à l’extérieur de l’INRA. Le PEPI s'adresse aux agents titulaires et sous contrat.

Organisation et fonctionnement

Les actions sont orientées, arbitrées et coordonnées par le bureau du PEPI. Le bureau se charge aussi des relations avec l'unité Ingenum, les autres PEPIs et de la communication. 

 Le bureau est actuellement composé de :

  • Anne-Laure Abraham (UMR MICALIS)
  • Julie Aubert (UMR AgroParisTech-INRA MIA) 
  • Véronique Brunaud (UMR IPS2)
  • Valentin Loux (Unité MaIAGE) 
  • Sandra Dérozier (Unité MaIAGE)
  • Magali Berland (MetaGenoPolis)
  • Sébastien Terrat (UMR AgroSup-INRA-Université de Bourgogne AgroEcologie)
  • Hélène Chiapello (Unités MIAT et Ingenum)

Le bureau peut être contacté par mail à l'adresse pepi-bioinfostats-bureau@listes.inra.fr
 
 Les anciens membres du bureau :

  • Johan Joets (UMR de Génétique Végétale) [2010-2011]
  • François Moreews (IRISA) [2010-2011]
  • Céline Noirot (Unité BIA) [2010-2011]
  • Frank Samson (Unité MIG) [2010-2011]
  • Sandrine Laguerre (UMR LISBP) [2012-2015]

Adhésion au PEPI

L'adhésion au PEPI est ouverte aux titulaires et aux personnels sous contrat travaillant dans une unité propre, associée ou mixte avec l'INRA et effectuant des analyses informatiques et/ou statistiques de données issues des technologies à haut débit. L'adhérent volontaire s'engage à échanger sur sa pratique à travers les outils mis à disposition par le PEPI.
 
 Le PEPI utilise la liste de diffusion bioinformaticiens@listes.inra.fr pour communiquer des informations relatives à la vie et aux actions du PEPI.
 
 Pour adhérer au PEPI et vous abonner à cette liste, vous pouvez :

  • entrer votre e-mail sur le formulaire de la page suivante : http://listes.inra.fr/sympa/subscribe/bioinformaticiens
  • envoyer un e-mail à l'adresse sympa@listes.inra.fr avec comme sujet de message : SUBscribe bioinformaticiens
  • envoyer un message au bureau du pepi : pepi-bioinfostats-bureau@listes.inra.fr. Dans ce cas, profitez-en pour vous présenter en quelques lignes et éventuellement préciser vos attentes/envies.

Actions

Le PEPI prévoit l'organisation de plusieurs rencontres par an.
 Les rencontres peuvent être des réunions par sous-groupes de travail autour de sujets choisis par les membres du PEPI et arbitrés par le bureau.

Pôles d'animation thématiques

Deux pôles d'animation thématiques sont proposés (description):

  • Planification expérimentale et RNASeq
  • Métagénomique, identification d'espèces et phylogénie

Si vous y souhaitez y participer ou en proposer/animer un, n'hésitez pas à contacter le bureau du PEPI pepi-bioinfostats-bureau@listes.inra.fr ou à envoyer un mail sur la liste bioinformaticiens.