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Métagénomique, identification d'espèces et phylogénie

L'objectif de ce pôle est de chercher à recenser les techniques et approches bioinformatiques utilisées pour identifier les communautés présentes dans un écosystème à partir de données de métagénomique ciblant des gènes marqueurs (ARNr 16s, ARNr 18s, ou autres). Il a donc pour but principal de permettre de discuter, d'échanger des expériences, de partager ses lectures bibliographiques et ses pratiques autour des analyses de ce type.

Objectifs

  • Discuter des outils existants pour ce type d’analyse : avantages, inconvénients, fonctionnement
  • Détailler les étapes nécessaires à l’analyse
  • Proposer des étapes d’analyse type et des conseils pour le choix des outils
  • Proposer un tutoriel avec des conseils pour les débutants dans ce type d’analyse
  • Proposer un document et des jeux de données qui puissent servir de base à une formation

Calendrier des rencontres

  • 24/09/2013 : Réunion de travail.
  • 30/05/2013 : Réunion de travail.
  • 15/02/2013 : Lancement du pôle.

Evènement à venir

Réunions de travail en novembre 2013, février-mars 2014 et avril-mai 2014

Pour plus de détails, vous pouvez contacter Anne-Laure Abraham et Sébastien Terrat