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24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

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Inra Productions Animales

Un langage de référence pour le phénotypage des animaux d’élevage : l’ontologie ATOL

INRA Prod Anim 27(3) 195-208

P.-Y. LE BAIL¹, J. BUGEON¹, O. DAMERON², A. FATET³,⁴,⁵,⁶, W. GOLIK⁷, J.-F. HOCQUETTE⁸,⁹, C. HURTAUD¹⁰,¹¹ , I. HUE¹², C. JONDREVILLE¹³, L. JORET¹, M.-C. MEUNIER-SALAÜN¹⁰,¹¹, J. VERNET⁸,⁹, C. NEDELLEC⁷ , M. REICHSTADT⁸,⁹, P. CHEMINEAU³,⁴,⁵,⁶

1 INRA, UR1037 LPGP, F-35000 Rennes, France

2 Université de Rennes 1, IRISA, Dyliss team, F-35000 Rennes, France

3 INRA, UMR85 PRC, F-37380 Nouzilly, France

4 CNRS, UMR7247, F-37380 Nouzilly, France

5 Université François Rabelais de Tours, F-37000 Tours, France

6 IFCE, F-37380 Nouzilly, France

7 INRA, UR1077 MIG, F-78352 Jouy-en-Josas, France

8 INRA, UMR1213 Herbivores, F-63122 Saint-Genès-Champanelle, France

9 Clermont Université, VetAgro Sup, UMR 1213 Herbivores, BP 10448, F-63000 Clermont-Ferrand, France

10 INRA, Agrocampus Ouest, UMR1348 PEGASE, F-35590 Saint-Gilles, France

11 Agrocampus Ouest, UMR1348 PEGASE, F-35000 Rennes, France

12 INRA, UMR1198 BDR, F-78352 Jouy-en-Josas, France

13 INRA, Université de Lorraine, USC340 AFPA, F-54500 Vandoeuvre-lès-Nancy, France

Résumé

Les avancées technologiques récentes en biologie permettent la production de grandes quantités de données capables de décrire de plus en plus finement les phénotypes. Pour traiter en masse ces informations à l’aide de programmes informatiques et comparer les phénotypes provenant d’études différentes, il est indispensable de disposer d’un langage standardisé définissant sans ambiguïté les caractères phénotypiques auxquels pourront se référer des utilisateurs variés (généticiens, physiologistes, biochimistes, modélisateurs, producteurs…). L’absence d’un tel référentiel pour les animaux d’élevage a conduit l’Inra, en collaboration avec ses partenaires internationaux, à mettre en place une ontologie nommée ATOL (« Animal Trait Ontology for Livestock »). Celle-ci vise à définir les caractères phénotypiques des animaux d’élevage en les organisant en catégories, autour des performances (efficacité alimentaire, fertilité), des produits (production laitière, de viande, d’oeufs, de foie gras) et des préoccupations sociétales (bien-être animal) se rapportant aux productions animales. Cet article explique les motivations à l’origine du projet, les objectifs poursuivis, la démarche adoptée et son originalité, ses limites et ses performances. Notre ambition est que cette ontologie, actuellement en accès libre sur la toile, soit largement utilisée pour référencer les caractères utilisés dans les publications et les bases de données, et ce pour favoriser une fouille bibliographique précise, facilitant ainsi l’intégration des informations à des fins de biologie systémique et prédictive.

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