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Protéome Vert

LRSV

Équipe Protéines Pariétales et Développement
Toulouse

Equipe Protéines pariétales et Développement

Responsable : E Jamet

Laboratoire de Recherche en Sciences végétales

UMR 5546 Université Paul Sabatier-Toulouse 3/CNRS

 

L’équipe Protéines pariétales et Développement (https://www.lrsv.ups-tlse.fr/equipes-de-recherche/proteines-parietales-et-developpement/) a été l’une des équipes pionnières dans le domaine de la protéomique des parois végétales. De nombreuses améliorations technologiques ont été apportées pour augmenter la couverture des protéomes pariétaux. Différents organes des plantes modèles Arabidopsis thaliana et Brachypodium distachyon ont été étudiés ainsi que de la canne à sucre, du tournesol et du blé. Aujourd’hui, les protéomes pariétaux d’A. thaliana et B. distachyon sont les mieux documentés. Les protéines identifiées ont été systématiquement ré-annotées afin de valider les prédictions de peptide signal et de domaines fonctionnels. Enfin, l’étude des modifications post-traductionnelles de certaines de ces protéines a été entreprise conduisant ainsi à l’étude de pattern d’hydroxylation de proline et à la caractérisation de N- et de O-glycanes. La base de données WallProtDB construite par l’équipe (http://www.polebio.lrsv.ups-tlse.fr/WallProtDB/) répertorie les protéomes pariétaux de plantes dont les génomes sont séquencés et qui ont été publiés depuis le début des années 2000. WallProtDB comporte actuellement 3401 protéines de 12 espèces végétales.

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Cell wall proteins and Development team

Group leader: E Jamet

Laboratoire de Recherche en Sciences végétales

UMR 5546 Université Paul Sabatier-Toulouse 3/CNRS

The Cell wall proteins and Development team (https://www.lrsv.ups-tlse.fr/research-teams/cell-wall-proteins-and-development/) has been a pioneer in the field of cell wall proteomics. Numerous technical advances have been developed to increase the coverage of cell wall proteomes. Different organs of the model plants Arabidopsis thaliana and Brachypodium distachyon have been studied as well as sugarcane, sunflower and wheat.  Today, the cell wall proteomes of A. thaliana and B. distachyon are the best documented. Identified proteins have been systematically re-annotated for the presence of a signal peptide and of functional domains. Finally, the post-translational modifications of these proteins have been studied leading to the characterization of new patterns of prline hydroxylation and of N- and O-glycans.  The WallProtDB database has been built up by the team (http://www.polebio.lrsv.ups-tlse.fr/WallProtDB/) and contains the cell wall proteomes of plants having sequenced genomes published since the beginning of the 2000’s. WallProtDB presently contains 3401 proteins from 12 plant species.

 

Quelques publications récentes / Some recent articles:

 

Feiz et al. (2006) Evaluation of cell wall preparations for proteomics: a new procedure for purifying cell walls from Arabidopsis hypocotyls. Plant Methods 2: 10

Jamet et al. (2006) Cell wall proteins: a new insight through proteomics. Trends Plant Sci 11: 33-39

Jamet et al. (2008) Recent advances in plant cell wall proteomics. Proteomics 8: 893-908

Zhang et al. (2011) Combining various strategies to increase the coverage of the plant cell wall glycoproteome. Phytochemistry 72: 1109-1123

Hiijazi et al. (2012) Characterization of the ArabinoGalactan Protein 31 (AGP31) of Arabidopsis thaliana: new advances on the Hyp-O-glycosylation of the Pro-rich domain. J Biol Chem 287: 9623-9632

Albenne et al. (2013) Plant cell wall proteomics: the leadership of Arabidopsis thaliana. Front Plant Sci 4: 111

Albenne et al. (2014) Plant cell wall proteins: a large body of data, but what about runaways? Proteomes 2: 224-242

Calderan-Rodrigues et al. (2014) Cell wall proteomics of sugarcane cell suspension cultures. Proteomics 14: 738-749

Francin-Allami et al. (2015) Cell wall proteomics of Brachypodium distachyon grains: A focus on cell wall remodeling proteins. Proteomics 15: 2296-2306

San Clemente & Jamet (2015) WallProtDB, a database resource for plant cell wall proteomics. Plant Methods 11: 2

Nguyen-Kim et al. (2016) Arabidopsis thaliana root cell wall proteomics: increasing the proteome coverage using a combinatorial peptide ligand library and description of unexpected Hyp in peroxidase amino acid sequences. Proteomics 16 : 491-503

Hervé V, Duruflé H, San Clemente H, Albenne C, Balliau T, Zivy M, Dunand C, Jamet E (2016) An enlarged cell wall proteome of Arabidopsis thaliana rosettes. Proteomics 16 : 3183-3187

Regente M, Pinedo M, San Clemente H, Balliau T, Jamet E, de la Canal L (2017) Plant extracellular vesicles are incorporated by cells of a fungal pathogen and inhibit its growth. J Exp Bot 20: 5485-5496

Duruflé H, San Clemente H, Balliau T, Zivy M, Dunand C, Jamet E (2017) Cell wall proteome analysis of Arabidopsis thaliana mature stems. Proteomics 17, 8, 1600449

Duruflé H, Hervé V, Ranocha P, Balliau T, Zivy M, Chourré J, San Clemente, H, Burlat V, Albenne C, Déjean S, Jamet E, Dunand C (2017) Cell wall modifications of two Arabidopsis thaliana ecotypes, Col and Sha, in response to sub-optimal growth conditions : an integrative study. Plant Sci 263 : 183-193

Duruflé H, Hervé V, Balliau T, Zivy M, Dunand C, Jamet E (2017) Proline hydroxylation in cell wall proteins: is it yet possible to define rules ? Front Plant Sci 8: 1802

Cherkaoui M, Geairon A, Lollier V, San Clemente H, Larré C, Rogniaux H, Jamet E, Guillon F, Francin-Allami M. (2018) Cell wall proteome investigation of bread wheat (Triticum aestivum) developing grain in endosperm and outer layers. Proteomics 18: 180086

Fonseca JG, Calderan-Rodrigues MJ, de Moraes FE, Cataldi TR, Jamet E, Labate CA (2018) Cell wall proteome of sugarcane young and mature leaves and stems. Proteomics 18: 1700129