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R-SYST

Réseau R-syst : qui sommes nous?

R-SYST est un réseau national regroupant une douzaine d'équipes de recherche (de deux départements INRA : SPE et EFPA)  impliquées dans la caractérisation moléculaire et morphologique d'organismes.

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L'ambition de ce réseau est de développer un dictionnaire entre les variabilités génétiques et phénotypiques, permettant une meilleure caractérisation de ces organismes. L'objectif est de développer un outil informatique (pour les scientifiques et les professionnels non spécialistes) permettant d'identifier les espèces de groupes d'organismes d'intérêt pour l'INRA (arbres, insectes, champignons, micro-algues et bactéries). Son développement s'appuie sur un réseau de compétences en taxonomie, biologie moléculaire et bioinformatique.

L’objectif final est donc d’obtenir un outil accessible par tous (via Internet) qui sera composé :
 - D’une ou plusieurs bases de données regroupant tous les organismes vivants étudiés par l’INRA, répertoriés par fiches détaillées (spécimen, nom espèce, séquence ADN permettant de l’identifier)
 - D’un moteur de recherche détaillé pour interroger ces bases de données

Cet outil pourrait avoir diverses applications : gestion de la biodiversité, surveillance des bioagresseurs, qualité des eaux, identification d'organismes d'intérêt médical ou vétérinaire.

Les chercheurs de l’INRA qui ont de longues années d’expérience dans la description, la classification et la reconnaissance des organismes ajoutent à présent la connaissance du génome et de sa variabilité à leur panoplie. Toutes ces compétences vont être mises à disposition du plus grand nombre grâce à la constitution d’une base de données accessible par internet permettant une identification des organismes à partir du séquençage de leur génome qui devient une opération de plus en plus accessible. L’utilisateur enverra l’échantillon à identifier, par exemple une chenille trouvée dans une pomme, à une société spécialisée qui en fera le séquençage. La séquence obtenue sera confrontée via la base de données R-Syst à la collection de séquences obtenues par l’INRA et d’autres organismes de recherche, et ainsi permettra l’identification rapide. Une fiche descriptive documentée et illustrée permettra à l’utilisateur d’en savoir plus et éventuellement d’obtenir des conseils sur la conduite à tenir.

La construction de cette base de données s’appuie sur un réseau de laboratoires de l’INRA et d’autres établissements qui entretiennent des collections d’organismes servant de références pour les identifications :
    Insectes ravageurs des plantes européens : 2000 espèces à l’INRA de Montpellier.
    Pucerons de France et d’Europe : 600 espèces à l’INRA de Montpellier et Rennes.
    Abeilles de France : 350 espèces à l’INRA d’Avignon.
    Parasitoïdes : 50 souches de parasites d’œufs de lépidoptères ravageurs de cultures à l’INRA de Sophia.
    Ravageurs forestiers : 200 ravageurs de quarantaine (c'est-à-dire interdits en France et sous surveillance) à l’INRA d’Orléans.
    Champignons mycorhiziens utiles pour la forêt et l’agriculture : plusieurs milliers à l’INRA de Nancy.
    Bactéries responsables de maladies des plantes : 5000 souches à l’INRA d’Angers.
    Micro-algues : 300 espèces de diatomées à l’INRA de Thonon.
    Arbres forestiers guyanais : collection vivante de 750 espèces  mise en place par l’IRD en Guyane.

Au total c’est plus de 30 personnes (chercheurs, ingénieurs et techniciens) de plusieurs organismes, aidés par plusieurs  bio informaticiens qui sont impliquées dans ce réseau au niveau national.