En savoir plus

Notre utilisation de cookies

« Cookies » désigne un ensemble d’informations déposées dans le terminal de l’utilisateur lorsque celui-ci navigue sur un site web. Il s’agit d’un fichier contenant notamment un identifiant sous forme de numéro, le nom du serveur qui l’a déposé et éventuellement une date d’expiration. Grâce aux cookies, des informations sur votre visite, notamment votre langue de prédilection et d'autres paramètres, sont enregistrées sur le site web. Cela peut faciliter votre visite suivante sur ce site et renforcer l'utilité de ce dernier pour vous.

Afin d’améliorer votre expérience, nous utilisons des cookies pour conserver certaines informations de connexion et fournir une navigation sûre, collecter des statistiques en vue d’optimiser les fonctionnalités du site. Afin de voir précisément tous les cookies que nous utilisons, nous vous invitons à télécharger « Ghostery », une extension gratuite pour navigateurs permettant de les détecter et, dans certains cas, de les bloquer.

Ghostery est disponible gratuitement à cette adresse : https://www.ghostery.com/fr/products/

Vous pouvez également consulter le site de la CNIL afin d’apprendre à paramétrer votre navigateur pour contrôler les dépôts de cookies sur votre terminal.

S’agissant des cookies publicitaires déposés par des tiers, vous pouvez également vous connecter au site http://www.youronlinechoices.com/fr/controler-ses-cookies/, proposé par les professionnels de la publicité digitale regroupés au sein de l’association européenne EDAA (European Digital Advertising Alliance). Vous pourrez ainsi refuser ou accepter les cookies utilisés par les adhérents de l'EDAA.

Il est par ailleurs possible de s’opposer à certains cookies tiers directement auprès des éditeurs :

Catégorie de cookie

Moyens de désactivation

Cookies analytiques et de performance

Realytics
Google Analytics
Spoteffects
Optimizely

Cookies de ciblage ou publicitaires

DoubleClick
Mediarithmics

Les différents types de cookies pouvant être utilisés sur nos sites internet sont les suivants :

Cookies obligatoires

Cookies fonctionnels

Cookies sociaux et publicitaires

Ces cookies sont nécessaires au bon fonctionnement du site, ils ne peuvent pas être désactivés. Ils nous sont utiles pour vous fournir une connexion sécuritaire et assurer la disponibilité a minima de notre site internet.

Ces cookies nous permettent d’analyser l’utilisation du site afin de pouvoir en mesurer et en améliorer la performance. Ils nous permettent par exemple de conserver vos informations de connexion et d’afficher de façon plus cohérente les différents modules de notre site.

Ces cookies sont utilisés par des agences de publicité (par exemple Google) et par des réseaux sociaux (par exemple LinkedIn et Facebook) et autorisent notamment le partage des pages sur les réseaux sociaux, la publication de commentaires, la diffusion (sur notre site ou non) de publicités adaptées à vos centres d’intérêt.

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit des cookies sessions CAS et PHP et du cookie New Relic pour le monitoring (IP, délais de réponse).

Ces cookies sont supprimés à la fin de la session (déconnexion ou fermeture du navigateur)

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit du cookie XiTi pour la mesure d’audience. La société AT Internet est notre sous-traitant et conserve les informations (IP, date et heure de connexion, durée de connexion, pages consultées) 6 mois.

Sur nos CMS EZPublish, il n’y a pas de cookie de ce type.

Pour obtenir plus d’informations concernant les cookies que nous utilisons, vous pouvez vous adresser au Déléguée Informatique et Libertés de l’INRA par email à cil-dpo@inra.fr ou par courrier à :

INRA
24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

Menu INRA Logos Tutelles

SPS - Saclay Plant Sciences

La plateforme d'analyse protéomique PAPPSO

Le protéome est l’ensemble des protéines présentes dans un organisme donné. Analyser le protéome c’est donc identifier des protéines et mettre en évidence leurs propriétés telles que leurs modifications post-traductionnelles, leur localisation sub-cellulaire, leurs interactions entre elles ou avec d’autres molécules et leur abondance. L’ensemble de ces propriétés est susceptible de varier sous l’effet du développement ou de variations environnementales : analyser le protéome c’est aussi analyser la dynamique des protéines et de leurs propriétés au cours du temps, dans différents organes ou sous l’effet de différents stimuli.

Animation présentant le cheminement des peptides et de leurs fragments dans un spectromètre de masse au cours d’une analyse protéomique (https://youtu.be/K1VSYjuw6os)

La protéomique a d’abord été basée sur la séparation des protéines par électrophorèse bidimensionnelle. Les progrès techniques de la spectrométrie de masse à partir des années 1990 font qu’il est aujourd’hui possible de se passer de toute étape de séparation des protéines pour en identifier des milliers dans un échantillon et pour en quantifier une grande proportion, par des méthodes dites « bottom-up ». Les analyses bottom-up sont basées sur l’étude des peptides obtenus par digestion des protéines présentes dans l’échantillon à l’aide d’une endoprotéase, généralement la trypsine. Le spectromètre de masse permet ensuite de mesurer la masse des peptides, de les fragmenter et enfin de les identifier grâce aux spectres de fragmentation. La quantification peut se baser sur l’intensité du signal mesuré par le spectromètre sur le peptide lui-même ou sur ses produits de fragmentation. Elle peut être aidée par un marquage isotopique, mais il est possible de quantifier en « label-free ».

La plateforme PAPPSO (http://pappso.inra.fr) réalise des analyses de protéomique dans le cadre de prestations et de collaborations. Elle est actuellement équipée de quatre spectromètres de masse adaptés à différents types de questions et à différents niveaux de complexité du mélange protéique : un LTQ, un LTQ-Orbitrap, un Q-Exactive plus et un Orbitrap Fusion Lumos.

Elle regroupe neuf agents permanents répartis sur deux plateaux techniques : l’un spécialisé dans la biologie végétale est adossé à l’UMR Génétique Quantitative et Evolution – Le Moulon (Gif-sur-Yvette) et l’autre, spécialisé dans les procaryotes est adossé à l’UMR Micalis (Jouy-en-Josas). Ces spécialisations ne nous empêchent pas d’aller explorer d’autres mondes. Par exemple nous avons étudié les protéines d’anches de clarinette, de cartilage de cheval, sans compter les fientes de pigeon... Ceci étant dit, la plateforme a développé une expertise dans la réalisation d’expériences à grands effectifs (plusieurs centaines d’échantillons) ainsi que dans la peptidomique et la metaprotéomique. Par exemple à l’heure actuelle une expérience de génétique d’association sur le protéome de maïs porte sur plus de mille échantillons, et une analyse de métaprotéomique du microbiote intestinal porte sur plusieurs centaines d’échantillons.

Parallèlement aux développements en spectrométrie de masse, la plateforme développe des outils d’analyse protéomique adaptés aux grands effectifs et aux échantillons de grande complexité. Ils permettent de maîtriser l'ensemble de la chaîne de traitement depuis l'identification des peptides jusqu'à la quantification des protéines et à l'analyse statistique de leur variation. La plateforme s’est aussi dotée d’une infrastructure informatique qui lui permet de gérer ces données de très grande taille.

PAPPSO

L'analyse protéomique d'un grand nombre d'échantillons révèle la réponse différentielle des génotypes aux variations environnementales et, combinée à un génotypage à haute densité, permet d'identifier des loci contrôlant les quantités de protéines.

PAPPSO diffuse les outils qu'elle développe en open source, organise des formations et accompagne les utilisateurs dans l'exploitation de leurs résultats, en particulier jusqu'à leur analyse bioinformatique et statistique.

La plateforme est labellisée IBiSA depuis 2009. Elle est également labellisée par la CNOC en tant que Plateforme Stratégique INRA (2009-2013) puis Plateforme Nationale Stratégique (2013-2018).

 

Principaux outils bioinformatiques développés par PAPPSO :

- X!TandemPipeline (Langella et al., 2017) pour l'identification et l'inférence des protéines,

- MassChroQ (Valot et al., 2011) pour la quantification des peptides,

- la base de données ProticDB (Langella et al., 2013),

- le paquet R MCQ pour l'analyse statistique des données de spectrométrie de masse.

Voir aussi