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SPS - Saclay Plant Sciences

École-Chercheurs

De l'expression des gènes aux réseaux

École-Chercheurs
Cette Ecole-Chercheurs est centrée sur les différentes étapes d’analyses bio-informatiques et statistiques appliquées aux données omiques, en particulier la transcriptomique.

Organisateurs: Marie-Laure Martin-Magniette et Etienne Delannoy

Lieu : Institut de Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2)

Langue : Français (diapositives des présentations en anglais)

Format :
Matin > Cours en amphithéâtre, 2 fois 90 minutes avec une pause de 15 minutes
Après-midi > 2 TP de 90 minutes pour un groupe de 20 personnes

Les modules (cours et TP) sont organisés selon les différentes étapes de l'analyse mais sont indépendants.

Pour télécharger les présentations, cliquez sur le nom de l'intervenant.

1

Les technologies de séquençage actuelles et futures et leurs protocoles associés - Mathilde Clément / Jérémie Bazin

30 mai 2017

2

La bioinformatique du RNAseq - Véronique Brunaud / Claire Toffano-Nioche

29 juin 2017

3

Normalisation et analyse différentielle des données RNAseq - Julie Aubert / Etienne Delannoy et Marie-Laure Martin-Magniette

28 septembre 2017

4

Analyse de la coexpression de données RNAseq - Introduction / Marie-Laure Martin-Magniette, Etienne Delannoy et Andréa Rau / Véronique Brunaud

12 octobre 2017

5

Les réseaux de régulation - Julien Chiquet, Étienne Delannoy, Marie-Laure Martin-Magniette, Françoise Monéger, Guillem Rigaill & Nathalie Villa-Vialaneix

30 novembre 2017

6

Les intégrations de données omiques - Sébastien Déjean 1Sébastien Déjean 2

14 décembre 2017

Vous pouvez vous inscrire pour un seul module ou pour plusieurs.

De même, vous pouvez vous inscrire seulement pour les présentations du matin en amphithéâtre si vous le souhaitez. Par contre, si vous vous inscrivez pour une session de l’après-midi (en petit groupe), nous vous demandons d’assister obligatoirement aux présentations du matin du module correspondant.

Si vous vous êtes inscrits à une ou plusieurs sessions de l’après-midi, nous vous demandons de rédiger une lettre de motivation expliquant vos raisons de vouloir y participer. Si le nombre d’inscrits est supérieur au nombre de places disponibles, nous utiliserons ces lettres pour sélectionner les participants. Dans cette lettre de motivation, n’oubliez pas de donner des informations sur le(s) projet(s) sur le(s)quel(s) vous souhaitez appliquer les méthodes présentées.

Télécharger la description des modules (intervenants, objectifs et contenu) 

Public visé :
Pour les cours du matin : Tout membre de l'Université Paris-Saclay dans la limite de la capacité d'accueil de l'amphithéâtre, soit 190 personnes.
Pour les TP de l’après-midi : Ouverts en priorité aux membre du LabEx Sciences des Plantes de Saclay dans la limite de 20 personnes (s’il reste des places, celles-ci seront ouvertes à tout membre de l'Université Paris-Saclay).

Prérequis :
Pour tous : Connaître les notions de moyennes et variance. Pas de lecture recommandée.
Pour les TP de l’après-midi : venir avec un ordinateur avec un OS Windows, Mac ou Linux sur lequel sera installé R avec les librairies requises pour le TP. Savoir utiliser R en lignes de commande ou Rstudio.

Modalités d’inscription :
Inscription obligatoire en ligne (avec chargement de la lettre de motivation le cas échéant)

Date limite d'inscription: Les inscriptions sont closes.

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