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OLA : Description de l'Observatoire des LAcs

Apport des méthodes NGS dans l’analyse de la biodiversité lacustre : révéler une diversité ignorée & décrypter la biosphère rare chez les micro-organismes

Partenaires impliqués : CARRTEL-LMGE

Cadrage : Alors que les communautés microphytoplanctoniques et zooplanctoniques sont suivis de manière dite classique (microscopie) dans les analyses limnologiques, la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés microbiennes est très peu prise en compte alors même que ces communautés assurent des rôles fondamentaux dans les cycles biogéochimiques lacustres, et sont à la fois des témoins et des acteurs du fonctionnement lacustre. Les outils moléculaires (en particulier de séquençage massif sur ADN et ARN) fournissent aujourd’hui la possibilité de décrypter la diversité microbienne et d’éclairer de manière innovante les patrons de diversité (e.g. Hugoni et al 2013).

L’analyse de la diversité moléculaire des micro-organismes aquatiques a été récemment intégrée dans OLA, et l’application d’outils de séquençage massif pour étudier la diversité picoplanctonique (<5 µm) a permis d’obtenir les premiers résultats concernant la composition phylogénétique des taxa ainsi que leur dynamique temporelle dans 2 lacs du SOERE (Le Bourget et Le Pavin). Ces travaux ont ciblé d’une part les eucaryotes unicellulaires (Mangot et al 2013 ; Debroas et al 2015) qui représentent des groupes fonctionnels très variés (pigmentés, hétérotrophes bactérivores, parasites, saprotrophes etc.), et d’autre part, les Archaea (Hugoni et al 2015ab) dont les niches écologiques sont encore mal connues.

Parmi les résultats acquis on relèvera (i) les avancées concernant la biosphère rare qui représente une part importante des groupes actifs dont certains sont très peu connus en milieu lacustre, (ii) la mise en évidence de patrons de diversité très dynamiques au cours de l’année, y compris dans des situations de stabilité des conditions physico-chimiques.

Ces données s’inscrivent dans une démarche à long terme qui s’accompagne de la constitution d’une banque ADN (Lac du Bourget en particulier).