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Résumé : 

Les sédiments représentent une composante essentielle des écosystèmes 
fluviaux et lacustres, à travers la diversité biologique abritée, mais 
aussi par les fonctions écologiques qu'elle assure. Les sédiments sont 
également des récepteurs naturels pour certains contaminants qui s’y 
accumulent avec le temps, comme les éléments traces métalliques (ETM) ou 
les polychlorobiphényles (PCB). Les fonctions qui y sont assurées par 
les micro-organismes, dégradation de la matière organique, production de 
gaz à effets de serre, ou production de biomasse pouvant alimenter le 
réseau trophique benthique, pourraient ainsi se trouver impactées par 
l’accumulation de ces contaminants. Parmi les principaux défis de 
l’écotoxicologie, le développement d’outils permettant d’établir les 
liens entre exposition aux toxiques et effets biologiques représente un 
enjeu particulièrement important en vue d’appréhender finement l’impact 
des contaminants sur la qualité écologique des milieux récepteurs. Un 
des moyens d’intégrer une dimension écologique aux approches 
écotoxicologiques est de privilégier les études à l’échelle des 
communautés, ce qui permet de considérer dans ces approches la notion de 
biodiversité spécifique et fonctionnelle, paramètre important en vue 
notamment d’évaluer l’impact des toxiques sur le niveau d’intégrité 
fonctionnelle des écosystèmes. Dans ce contexte, les principaux 
objectifs de ce travail de thèse seront (1) d’établir les effets 
écotoxiques d’ETM et de PCB dans le sédiment, en évaluant en microcosmes 
la réponse fonctionnelle de communautés microbiennes du sédiment à des 
niveaux d’exposition variables à ces toxiques, en fonction des 
caractéristiques du sédiment et de la biodisponibilité des contaminants, 
(2) de développer, à partir des fonctions microbiennes les plus 
sensibles, des approches PICT pour évaluer /in situ/ l’impact chronique 
de ces toxiques dans le compartiment sédimentaire, et (3) de mettre en 
œuvre ces approches PICT dans le compartiment sédimentaire de différents 
milieux lotiques et lacustres présentant des niveaux de contamination 
aux métaux et aux PCB variables.