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Bien que le lac d’Annecy ait bénéficié dès les années 70 d’une protection contre l’eutrophisation, les collectivités locales restent attentives et assurent un suivi des principaux paramètres physico-chimiques et de la dynamique du compartiment planctonique (phyto et zooplancton) en collaboration avec l’UMR CARRTEL. Les données disponibles sur le lac d'Annecy débutent en 1967 par la détermination et le comptage du zooplancton. De 1977 à 1986 la série a été interrompue pour être reprise, conformément à celles collectées sur le Léman depuis 1987. D’autres acquisitions de données sont venues au cours du temps, rendant comparables les données obtenues sur Annecy et sur le Léman (programme d’auscultation du lac). Depuis 18 ans, la dynamique des principales espèces de poissons est prise en compte par exemple au travers du suivi du pacage lacustre de l’omble chevalier (étudié par marquage des alevins déversés en 1997, 2000, 2007), et, depuis 2012 un suivi annuel par pêches scientifiques et hydroacoustique est inclus dans le surveillance du lac (comme c’est le cas également dans le lac du Bourget). Un rapport annuel est publié par le SILA (Syndicat Mixte du Lac d'Annecy).

Carte d'identité du lac d'Annecy
Etat trophique	oligotrophe
Localisation (position géographique moyenne)	45° 51′ 24″ Nord 6° 10′ 20″ Est
Longueur  (de son axe)	14.6 Km
Largeur maximale	3.2 km
Surface	27 km2
Altitude moyenne du plan d'eau	447 m
Profondeur moyenne	41 m
Profondeur maximale	65 m
Volume moyen d’eau douce	1,23 milliard de m3
Temps moyen de séjour théorique des eaux	4 ans